為深入貫徹落實黨的十七屆五中全會精神，根據(jù)《國民經(jīng)濟和社會發(fā)展第十二個五年規(guī)劃綱要》和《全國農(nóng)業(yè)和農(nóng)村經(jīng)濟發(fā)展第十二個五年規(guī)劃》精神，結(jié)合鄉(xiāng)鎮(zhèn)企業(yè)發(fā)展實際，農(nóng)業(yè)部11月2日公布《全國鄉(xiāng)鎮(zhèn)企業(yè)發(fā)展“十二五”規(guī)劃》，明確“十二五”期間，要加大對鄉(xiāng)鎮(zhèn)企業(yè)的財稅政策扶持力度。
規(guī)劃指出，積極協(xié)調(diào)稅務部門，落實、出臺稅收優(yōu)惠政策；鼓勵鄉(xiāng)鎮(zhèn)企業(yè)發(fā)展農(nóng)產(chǎn)品加工，進一步擴大農(nóng)產(chǎn)品初加工范圍，落實所得稅優(yōu)惠；減輕稅賦，統(tǒng)一農(nóng)產(chǎn)品加工增值稅進銷項稅率，將農(nóng)產(chǎn)品精深加工增值稅進項稅率提高到17%；
鄉(xiāng)鎮(zhèn)企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策
在《企業(yè)所得稅暫行條例》時代，財政部于1994年曾經(jīng)下發(fā)《關(guān)于企業(yè)所得稅若干優(yōu)惠政策的通知》（財稅字[1994]1號），文件規(guī)定“鄉(xiāng)鎮(zhèn)企業(yè)可按應繳稅款減征10％，用于補助社會性開支的費用。不再執(zhí)行稅前提取10％的辦法。”2008年實施的《企業(yè)所得稅法》及其實施細則取消了這一針對鄉(xiāng)鎮(zhèn)企業(yè)的優(yōu)惠政策。
農(nóng)產(chǎn)品初加工享受企業(yè)所得稅優(yōu)惠
2008年開始執(zhí)行的《企業(yè)所得稅法》規(guī)定“從事農(nóng)、林、牧、漁業(yè)項目的所得”可“免征、減征企業(yè)所得稅”�！镀髽I(yè)所得稅法實施細則》細化上述規(guī)定，對“農(nóng)、林、牧、漁業(yè)項目”做了具體界定，將“灌溉、農(nóng)產(chǎn)品初加工、獸醫(yī)、農(nóng)技推廣、農(nóng)機作業(yè)和維修等農(nóng)、林、牧、漁服務業(yè)項目”列入享受企業(yè)所得稅稅收優(yōu)惠的范圍。2008年財政部和國家稅務總局聯(lián)合下發(fā)《關(guān)于發(fā)布享受企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策的農(nóng)產(chǎn)品初加工范圍（試行）的通知》（財稅[2008]149號），對農(nóng)產(chǎn)品初加工范圍做出了明細界定。
農(nóng)業(yè)深加工增值稅政策存在問題
目前，我國農(nóng)產(chǎn)品深加工企業(yè)是比照一般企業(yè)的增值稅稅率17%執(zhí)行，但是農(nóng)產(chǎn)品深加工企業(yè)從農(nóng)產(chǎn)品初加工企業(yè)購入原材料，可以抵扣的進項稅稅率是13%.這是因為政府對農(nóng)產(chǎn)品初加工企業(yè)實行增值稅優(yōu)惠政策，農(nóng)產(chǎn)品初加工企業(yè)銷售貨物適用13%的優(yōu)惠稅率。對于農(nóng)產(chǎn)品深加工企業(yè)來說，由于取得的進項稅適用稅率是13%，而自己對外銷售貨物卻要按17%繳納增值稅，這4%的稅率差額就不得不由農(nóng)產(chǎn)品深加工企業(yè)自己承擔，也就是說，深加工企業(yè)增值稅的實際稅率高于一般企業(yè)17%的稅率。
例如，某燒雞制作企業(yè)1只燒雞的對外銷售價格是40元，其從某農(nóng)產(chǎn)品初加工企業(yè)購買一只白條雞（農(nóng)產(chǎn)品初加工產(chǎn)品）作為原材料是25元，則：
某燒雞制作企業(yè)銷項稅=40元X17%=6.8元
某燒雞制作企業(yè)進項稅=25元X13%=3.25元
某燒雞制作企業(yè)應繳納增值稅=6.8-3.25=3.55元
如果，農(nóng)產(chǎn)品深加工企業(yè)從農(nóng)產(chǎn)品初加工企業(yè)購入原材料，可以抵扣的進項稅稅率是17%，則：
某燒雞制作企業(yè)銷項稅=40元X17%=6.8元
某燒雞制作企業(yè)進項稅=25元X17=425元
某燒雞制作企業(yè)應繳納增值稅=6.8-4.25=2.55元
相比之下，農(nóng)產(chǎn)品深加工企業(yè)多繳納1元增值稅，如果這是一個年加工燒雞1000萬只的中等企業(yè)，一年就多繳稅1000萬元。
難以解決的問題是，如果農(nóng)產(chǎn)品深加工企業(yè)采購原材料抵扣增值稅稅率是17%的話，那就意味著農(nóng)產(chǎn)品初加工企業(yè)必須按17%繳納增值稅，這無疑增加了農(nóng)產(chǎn)品初加工企業(yè)的稅負。
值得注意的是，據(jù)2011年7月的《上海證券報》報道，國家稅務總局近日下發(fā)的《關(guān)于部分行業(yè)試行農(nóng)產(chǎn)品增值稅進項稅額核定扣除管理辦法的公告》（征求意見稿）中，國稅總局明確，將在液體乳及乳制品制造和食用植物油加工行業(yè)率先試點進項稅額核定扣除辦法，同時將農(nóng)產(chǎn)品進項稅額扣除率由現(xiàn)行的13%修改為納稅人再銷售時貨物的適用稅率，即納稅人銷售的貨物適用13%稅率的，則扣除率為13%，納稅人銷售的貨物適用17%稅率的，則扣除率為17%，此舉將大大減輕農(nóng)產(chǎn)品加工企業(yè)的增值稅負擔。
如果這一政策能夠執(zhí)行，農(nóng)產(chǎn)品初加工企業(yè)就可以按17%計算繳納增值稅了，那么農(nóng)產(chǎn)品深加工企業(yè)就可以取得的17%的進項稅了。
