任何改革都不是一帆風(fēng)順的。農(nóng)村稅費(fèi)改革的巨大成果，得到了廣大農(nóng)民群眾的熱烈擁護(hù)和支持，這是不言而喻的。然而，我們?cè)诔浞挚隙ǔ煽?jī)的同時(shí)，也必須看到稅費(fèi)改革后存在的不容忽視的諸多問(wèn)題。
鄉(xiāng)村債務(wù)化解難
由于地方經(jīng)濟(jì)發(fā)展緩慢，財(cái)政困難，保穩(wěn)定與謀發(fā)展矛盾突出，同時(shí)不少地方和相關(guān)部門(mén)債務(wù)風(fēng)險(xiǎn)意識(shí)淡薄，監(jiān)督不到位，管理混亂，多年來(lái)，興修農(nóng)田水利、村村通水泥路項(xiàng)目貸款、道路修建養(yǎng)護(hù)、農(nóng)村教育、救濟(jì)等費(fèi)用形成了巨額鄉(xiāng)村債務(wù)。
財(cái)力薄弱影響機(jī)構(gòu)運(yùn)轉(zhuǎn)
大部分鄉(xiāng)村集體財(cái)力微薄，鄉(xiāng)鎮(zhèn)只剩下為數(shù)極少的工商稅，取消了原先納入財(cái)政預(yù)算和財(cái)政財(cái)務(wù)開(kāi)支的稅費(fèi)項(xiàng)目，鄉(xiāng)鎮(zhèn)可用財(cái)力極少。縣對(duì)鄉(xiāng)鎮(zhèn)只能保人員工資發(fā)放，對(duì)村的轉(zhuǎn)移支付更少。尤其是邊遠(yuǎn)貧困山區(qū)，行政成本高，工作條件差，工資補(bǔ)助沒(méi)保證，干部思想不穩(wěn)定。
遺留問(wèn)題難解決
稅費(fèi)改革后，由于歷史欠賬較多，興辦集體公益事業(yè)有事難議、難做，稅費(fèi)尾欠難解決，轉(zhuǎn)移支付資金分配使用及跟蹤監(jiān)督不夠。
義務(wù)教育投入不足
農(nóng)村學(xué)校實(shí)行了“一費(fèi)制”，取消了教育集資，使得農(nóng)村教育基礎(chǔ)性工作所需資金投入嚴(yán)重不足。
農(nóng)墊稅包袱無(wú)力解決
稅費(fèi)改革后，鄉(xiāng)村兩級(jí)墊付的農(nóng)業(yè)稅數(shù)額巨大，無(wú)力解決。
不良資產(chǎn)難以盤(pán)活
應(yīng)收未收款項(xiàng)由于逾期時(shí)間長(zhǎng)，不良債權(quán)比較大，沒(méi)有得力辦法消赤減債，導(dǎo)致資產(chǎn)難以盤(pán)活，想辦的事沒(méi)法辦。
